北京医疗器械三类许可证办理流程如下：

申请：申请许可证的申请人需要填写申请表，并提交电子资料。如果提交的资料不全或者不符合要求，申请就会被驳回。

受理：申请人提交资料后，审批部门会审核申请人的资料。如果申请人的资料齐全且符合要求，审批部门就会受理申请。

审查：审批部门会对申请人提交的资料进行审查，包括资料的合法性、真实性、完整性等方面。在审查过程中，审批部门会进行现场勘查和评估，以确保申请人的场所和设备符合要求。

决定：审批部门在审查结束后，会做出决定。如果申请人的资料齐全、合法、真实，并且场所和设备符合要求，审批部门就会颁发许可证。

需要的资料：

北京医疗器械三类许可证办理所需材料:

1、营业执照副本复印件;

2、法定代表人或者负责人的身份证明复印件;

3、企业经营地址的房产证明(不动产权证书、租赁协议或者自购房房产证，其中之一即可)及平面图复印件;

4、企业质量负责人、售后负责人的身份证明复印件、学历或者职称证明复印件;

5、企业经营地址的租赁协议和房东身份证复印件(各一份);

6、企业经营的产品列表及产品介绍;

7、医疗器械购销合同及发票复印件(无需提供，核查现场时携带即可);

8、员工健康体检记录表原件及公司简介。